轉錄組測序探索黃瓜果實長度調控機制

2015-12-18    編輯:諾禾致源
RNA測序:探索黃瓜果實長度調控機制
 

研究背景

黃瓜是一種全球性的蔬菜作物,具有重要的經濟及營養價值。作為一種新鮮肉質蔬菜,黃瓜收獲于開花后的兩周左右。開花后,果實迅速生長,最后伸長到最終的長度。這一過程中,細胞分裂和細胞擴張起到至關重要的作用。同時,不同品種的黃瓜在最終長度上也具有很大的差異。因此,黃瓜果實的早期發育對于黃瓜的產量和質量具有重大影響。果實長度作為一個重要的農藝性狀,對于黃瓜中控制果實長度的分子機制的研究,具有重大的理論意義和經濟價值。

方法流程

樣品取材

245棋牌正常植株與突變株2-4厘米的早期果實

文庫類型

提取總RNA 3 μg,構建200 bp的文庫

測序策略

245棋牌Illumina HiSeq 2000 SE100

主要分析

差異表達分析
富集分析

研究結果

1、兩個不同長度的黃瓜的基因表達比較 通過差異基因分析,發現了3955個差異基因,其中2368個上調,1587個基因下調。

245棋牌2、RT-PCR驗證轉錄組 隨機選取20個差異基因,其中14個表達量較高,而6個表達量較低,表達變化與轉錄組數據相符,其中相關性分析R2為0.945,表明轉錄組數據高度可靠。

245棋牌3、微管和細胞分裂相關細胞參與果實長度調控。

4、轉錄因子參與果實長度控制。

 408和409兩種黃瓜的果實長度比較

圖1  408和409兩種黃瓜的果實長度比較

408系果實中低表達基因的130個轉錄因子家族分類

245棋牌圖3  408系果實中低表達基因的130個轉錄因子家族分類

GO富集

245棋牌圖2  GO富集

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