菌株高精度分型:cgMLST-相關材料

2017-03-16    編輯:諾禾致源

致病菌進化速度快,耐藥基因變化大,傳統分型方式跟不上疫情爆發的節奏,菌株高精度分型cgMLST,以其高精度、高可靠性的分型結果,成為流行病學菌株分型的新標準。 cgMLST,全稱為全基因組多位點序列分型(Complete Genome Multilocus Sequence Typing),是多位點序列分型(MLST)的一個拓展方法,與MLST只選擇數個保守基因不同,cgMLST以大量菌株為基礎的核心基因組作為序列分型標記。

高分辨率

在多種菌株分型工具中,cgMLST的標記位點最多,密度最高,其對菌株之間的細微變異也更為敏感。與其他常用的分型標記相比,cgMLST的高密度標記,可以將菌株分型鑒定的分辨率拓展到克隆級別,相比16S rDNA的種級別和常規7位點MLST的支系級別,有著極大的提升。

高可靠性

MLST技術,是一種傳統的基因分型技術,利用一組7個左右的管家基因對菌株進行分型,目前公開數據庫中已經有大腸桿菌、葡萄球菌、克雷伯菌等86種常見細菌和9種真菌的MLST數據,供后續研究作為參照。cgMLST技術以現有MLST數據為基礎,在構建核心基因組和分型的過程中,一方面確保已有MLST管家基因存在于核心基因集合中,另一方面要將構建獲得的最小生成樹同已有數據進行比對,保證分型結果的一致性。嚴格的確認流程,保證了核心基因集合最終結果的權威性和可靠性。

進行分析

cgMLST數據作用

cgMLST利用高密度的核心基因組作為標記,構建高分辨率的物種分型結果,對于菌種鑒定及流行病學研究而言貢獻了大量重要的數據基礎,具體包括:提供了目標物種的權威核心基因(core gene)列表對測序菌株進行序列分型和菌種鑒定,對傳染病的爆發時間進行解釋、預測和印證分析目標菌種的群體結構和遺傳進化規律,為疾病的預防和控制提供數據基礎。