轉錄組測序揭示膠質母細胞瘤新融合基因

2015-12-17    編輯:諾禾致源
RNA測序:揭秘繼發膠質母細胞瘤融合基因

研究背景

245棋牌腦膠質瘤由神經上皮細胞惡化演進形成,是成人中樞神經系統中最常見的惡性腫瘤,致死率極高,惡性腦膠質瘤5年存活率僅5%,具有浸潤生長、易復發、預后差等特點。根據WHO形態學分類標準,腦膠質瘤分為四個級別和多種類型,其惡性程度不同,常規放化療的預后差別較大,不同分型以及原發和復發膠質瘤發生發展的分子機制也有所不同,因此亟需發展針對分子病理的新的分型標準,指導臨床治療和個體化醫療,提高病人的生存期和生存質量。

方法流程

樣品取材 272個新鮮凍存的患者腦膠質瘤細胞
文庫類型 轉錄組文庫
測序策略 Illumina HiSeq 2000 PE100
主要分析 融合基因分析

研究結果

1、利用Illumina HiSeq 2000測序平臺對272例WHO II,III,IV級以及復發的腦膠質瘤樣本進行轉錄組測序,發現了214種融合轉錄本,其中67種為讀碼框內融合。

 

2、發現并驗證了三種重復出現的融合基因,FGFR3-TACC3、RNF213-SLC26A11、PTPRZ1-MET,在另外的192例獨立樣品中也具有類似的融合發生頻率。

 

3、該研究首次報道了一種發生于原癌基因酪氨酸激酶cMET的新的融合基因PTPRZ1-MET (ZM)245棋牌,融合發生的頻率約占繼發膠質母細胞瘤總數的15%,具有四種不同的融合形式(圖1),融合基因在DNA、RNA、蛋白水平上均得到驗證。

融合基因在不同癌癥樣本中的分布

圖1  融合基因在不同癌癥樣本中的分布

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