血液循環腫瘤細胞DNA中突變等位基因的定量分析與肺癌生存期的相關性研究

2017-01-10    編輯:諾禾致源

研究背景

眾所周知,利用組織活檢方法來發掘腫瘤耐藥性產生的分子機制會面臨很大挑戰,
目前已有多篇研究提出ctDNA檢測EGFR 突變的可行性,但多是定性檢測,并非動態的定量評估。
本篇研究選取了常用定量檢測方法中的ddPCR以及目標區域測序,
評估它們在檢測ctDNA突變時的一致性和可行性。

流程方法

  • 3例晚期肺腺癌患者:腫瘤組織/正常血漿、EGFR-TKI治療前/后血漿
  • 文庫構建:NEBNext DNA Library Prep Reagent Set
    目標區域捕獲:Agilent Custom SureSelect Kit(483 Panel)
  • Illumina HiSeq 2500
    PE150
  • 1.生存曲線分析
    2.高頻突變基因統計及通路富集

研究結果

ddPCR檢測EGFR 基因突變,發現患者ctDNA與相應腫瘤組織突變一致率可達74%。ctDNA中含有EGFR 基因突變患者無進展生存期(Progression-free Survival,PFS)和總生存期(Overall survival,OS)高于ctDNA EGFR 野生型患者。且EGFR245棋牌 基因突變豐度越高(>5.15%),其PFS和OS越長。對患者的ctDNA進行目標區域測序發現66.6%的患者治療后ctDNA中總突變數增加,76.5%的患者治療后ctDNA共有突變頻率增加。


1. EGFR 基因突變與患者PFS和OS關聯分析

TKI治療前患者ctDNA中含有的EGFR 基因突變比ctDNA中不含有EGFR 基因突變患者PFS、OS長。且EGFR245棋牌 基因突變豐度越高(>5.15%),其PFS和OS越長(圖1)。


2. 高頻突變基因統計及通路富集分析

利用483panel對12例患者治療前和治療后的ctDNA進行高深度目標區域測序。發現治療前ctDNA中主要是EGFR 基因其他類型的突變,例如L858R突變,并無T709M突變。但是治療后EGFR T790M突變占50%(圖2)。還發現了其他的突變基因例如TP53PTENMLL2245棋牌 等,主要富集在細胞周期通路和TGF-β信號通路中。


3. 治療前后ctDNA中SNVs和InDels突變情況分析

245棋牌 利用目標區域測序研究患者治療前后ctDNA中的SNVs和InDels的變化情況。結果發現66.6%的患者治療后ctDNA中總突變數增加。76.5%的患者治療后ctDNA共有突變頻率增加。


4.ddPCR與NGS用于ctDNA中 EGFR 基因突變檢測的比較

ddPCR檢測極限是0.04%而NGS檢測極限是5%,但是對于同一個檢測樣本來說,兩種檢測方法對于EGFR 基因突變豐度變化的檢出趨勢高度一致,說明了兩種方法在ctDNA中檢測EGFR 基因突變是可行的。

圖1 ctDNA中EGFR 基因突變情況與患者PFS和OS關聯分析


圖2 高頻突變基因展示圖

研究結果

利用ddPCR來定量和定性分析經EGFR-TKI治療前后患者體內ctDNA中EGFR 基因突變的情況,
并且結合臨床數據全面分析了患者生存周期與EGFR 基因突變之間的關系。
將ddPCR檢測方法與二代測序技術相結合,
在精準定量EGFR基因突變豐度的同時還可以發現更多的新型或不常見的突變基因,
為肺腺癌的個體化治療提供了指導。



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