全基因組de novo測序

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基因組測序開啟物種真正探索之路

基因組從頭測序(De novo sequencing)
在不依賴參考基因組的情況下對某物種進行基因組測序及拼接組裝,
從而繪制該物種的全基因組序列圖譜。基因組測序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜,
同時也為后續物種起源進化及特定環境適應性的研究奠定了基礎。
根據基因組的復雜程度,基因組可分為簡單基因組和復雜基因組。

簡單基因組 復雜基因組
重復序列比例 <50% >50%
雜合率 <0.5% >0.5%

科學方案設計

從材料選取,建庫測序,到數據分析,
245棋牌每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

簡單基因組de novo 測序 復雜基因組de novo 測序

純二代

基于頂尖組裝水平,簡單或復雜基因組高質量組裝

文庫類型

小片段文庫:250 bp/450 bp
大片段文庫:2 Kb/5 Kb/10 Kb

小片段文庫:250 bp/350 bp/450 bp
大片段文庫庫:2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb

樣本要求

DNA總量>400ug

245棋牌DNA總量>400ug

測序策略與深度

HiSeq PE150 100×

245棋牌HiSeq PE150 200×

承諾指標

哺乳動物和鳥類基因組:contig N50≥40 Kb
scaffold N50≥4 Mb
其它物種基因組:contig N50≥30 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥20 Kb
245棋牌scaffold N50≥500 Kb

組裝策略(推薦)

二代、三代混合拼接

測序策略與深度

245棋牌二代小片段(100×)+三代(40×)+10X Genomics

承諾指標

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥200 Kb
scaffold N50≥1 Mb

全三代拼接

全三代結合新技術,組裝水平達到新高度

測序策略與深度

245棋牌 三代(80×)+10x Genomics/BioNano/ChiCago

245棋牌三代(100×)+10X Genomics/BioNano/ChiCago

承諾指標

contig N50≥1 Mb
245棋牌scaffold N50≥3 Mb

contig N50≥500 Kb
245棋牌scaffold N50≥1 Mb

信息分析

基因組序列是研究物種分子生物學的基礎,通過全基因組de novo測序,
可得到物種全基因組序列圖譜,通過比較基因組學分析可對物種進行基
因家族分析,系統進化分析,正選擇分析和共線性分析。

De novo 測序 分析內容
組裝 組裝策略
組裝結果評估
注釋 重復序列注釋
基因結構注釋
基因功能注釋
非編碼RNA注釋
生物學分析 比較基因組學分析 基因家族分析
系統進化分析
正選擇分析
共線性分析
個性化分析 針對物種自身特點
制定分析方案
有參考基因組de novo 測序 特有基因檢測
變異檢測

因為專業,所以卓著。

從基因組組裝軟件SOAPdenovo、SOAPdenovoⅡ到NOVOheter,
從比對軟件SOAP、SOAP2到SOAP3,從二代組裝、二加三混合拼
接到全三代組裝,針對不同的基因組特征,采取不同的策略,致力于得到最優的組裝結果。
因為專注,所以專業,諾禾致源始終引領著基因組學的發展。

悅讀高質量測序數據,盡享HPC澎湃動力

基因組De novo 測序采用先進的Illumina測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,
實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,
以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。

出色完成每一個項目環節,助力科學研究。

諾禾致源的基因組合作項目遍布全球各地,引領基因組研究潮流。
截至2017年12月,發表高水平基因組文章8篇,其中2篇為封面文章。研究涉及鳥類、
哺乳動物、水產生物、珍稀動物、昆蟲、栽培作物、水果植物、藥用植物、藻類、林木類、灌木類等諸多物種。
“科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”,
確保每一個環節都能出色完成,助力科學研究。