WGS全基因組脫靶檢測

產品介紹常見問題經典案例


WGS全基因組脫靶檢測

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全基因組范圍內進行廣泛掃描,精確檢測編輯信息。
WGS全基因組脫靶檢測:對具有參考序列(Reference Sequence)的不同個體,
采用WGS方法進行全基因組測序,
經生物信息分析,在全基因組范圍內發生的SNPs和InDels進行精確分析。

  • 檢測全面
  • 精準分析
  • 專業背景強

基于成熟的生物信息分析人才,專業的項目分析,可以根據客戶不同要求分析個性化內容,
在全集因組范圍內對編輯位點和脫靶位點,進行精確的定位分析,并且針對于感興趣片段進行準確定位。

科學的研究方案

從建庫測序,到數據分析,每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

1、客戶需要提供給我們參考基因組序列信息;
2、編輯物種,編輯類型;
3、sgRNA序列信息;
4、編輯基因序列信息或插入片段序列。

信息分析

脫靶檢測 分析內容
基因敲除

基本信息分析部分

1.原始序列信息
2.測序數據質量評估
3.將原始序列與參考基因組進行比對分析,統計覆蓋度,檢測SNP/InDel
4.sg RNA 同源的序列區域進行篩選
篩選全部基因組區域內所有 sgRNA 同源區域,并根據同源分數進行排序

高級信息分析

5.sgRNA 同源區域脫靶檢測
編輯前后樣本序列信息比較,SNP、InDel進行分析,并且對 sgRNA 上下游100bp序列,做進一步分析,避免錯失突變位點序列
6.PAM區掃描潛在脫靶位點
在 sgRNA 同源區域中,篩選 PAM區 NGG結構,例如 AGG,TGG,CGG,GGG,對 PAM區發生的SNP,InDel 情況進行統計
基因插入

基本分析

1. 數 據質控:去除含接頭和低質量的數據
2. 與 參考基因組進行比對
3.統計測序深度及覆蓋度
4. SNP/InDel 變異結果檢測

高級分析

5.將插入序列mapping 到參考基因組中,確定插入具體位置
6.對插入位置或上下游基因進行功能注釋
7.分析插入類型,雜合插入,純合插入或者脫靶
8.分析同源序列插入情況